В случае нецелевого расходования средств фонда, Министерство образования и науки РФ по собственной инициативе или по представлению Минфина РФ имеет право отменить регистрацию внебюджетного фонда и исключить его из Реестра. Об этом извещаются Минфин РФ, Минэкономразвития РФ, Федеральная служба государственной статистики, банк, в котором открыт счет фонда, а также предприятия и организации, участвующие в его образовании.
Федеральная налоговая служба ежеквартально доводит до налоговых инспекций Реестр отраслевых и межотраслевых внебюджетных фондов НИОКР, зарегистрированных Министерством образования и науки РФ и действовавших в прошедшем квартале.