По результатам проведенных контрольных мероприятий Счетная палата РФ направляет органам государственной власти, руководителям проверяемых предприятий, учреждений и организаций представления для принятия мер по устранению выявленных нарушений, возмещению причиненного государству ущерба и привлечению к ответственности должностных лиц, виновных в нарушении законодательства.
При выявлении на проверяемых объектах нарушений в предпринимательской деятельности, наносящих государству прямой непосредственный ущерб, в случаях несоблюдения порядка и сроков рассмотрения представлений Счетной палаты РФ, создания препятствий для проведения контрольных мероприятий она дает администрации проверяемых предприятий обязательные для исполнения предписания. При неоднократном неисполнении или ненадлежащем исполнении предписаний Счетной палаты РФ Коллегия палаты вправе по согласованию с Государственной Думой принять решение о приостановлении всех видов финансовых платежных и расчетных операций по счетам проверяемых предприятий.