В доходы муниципального бюджета города зачисляются: местные налоги, сборы и штрафы; закрепленные законодательством отчисления от федеральных и областных налогов; финансовые средства, переданные муниципальным органам органами государственной власти для исполнения отдельных государственных полномочий; поступления от продажи и сдачи в аренду муниципального имущества, от муниципальных займов и лотерей; часть прибыли муниципальных предприятий; дотации, субвенции, трансфертные платежи и другие поступления.
Превышение расходов над доходами, как правило, не допускается. При наличии дефицита бюджета первоочередному финансированию подлежат текущие расходы. По решению муниципального Совета может быть установлен предельный размер дефицита бюджета. Если в процессе исполнения бюджета г. Северодвинска происходит превышение предельного уровня дефицита или значительное снижение поступлений доходных источников бюджета, то вводится механизм секвестра расходов. Перечень защищенных статей бюджета устанавливается муниципальным Советом.