Затраты на содержание фонда, создание и поддержание его материально-технической базы осуществляются в пределах средств, предусмотренных на эти цели его бюджетом.
Финансовые средства, не израсходованные в истекшем году, изъятию не подлежат и при утверждении ассигнований из федерального бюджета на следующий год не учитываются.
Фонд ежегодно разрабатывает бюджет и отчет о его исполнении, которые по представлению Правительства РФ утверждаются федеральным законом.
Управление фондом осуществляется коллегиальным органом — правлением и постоянно действующим исполнительным органом — директором.
Территориальные фонды обязательного медицинского страхования создаются законодательными и исполнительными органами власти субъектов РФ. Финансовые средства и имущество всех фондов обязательного медицинского страхования находятся в федеральной собственности.
Средства, направляемые гражданами и юридическими лицами на финансирование государственной, муниципальной систем здравоохранения, не облагаются налогами. Федеральный и территориальные фонды обязательного медицинского страхования освобождаются от уплаты налогов по доходам от основной деятельности.