По окончании календарного года определяются финансовые результаты проведения обязательного медицинского страхования, и в случае превышения доходов над расходами сумма превышения направляется на пополнение резервов и дохода страховой медицинской организации.
Важное значение для развития системы медицинского страхования имеет Программа государственных гарантий обеспечения граждан РФ бесплатной медицинской помощью. Она определяет виды медицинской помощи, предоставляемой населению бесплатно. Финансирование Программы осуществляется за счет средств бюджетов всех уровней, средств обязательного медицинского страхования и других поступлений.

В рамках базовой программы обязательного медицинского страхования граждан РФ предоставляется амбулаторно-поликлиническая и стационарная помощь в учреждениях здравоохранения независимо от их организационно-правовой формы при инфекционных и паразитарных заболеваниях. Базовая программа осуществляется за счет средств обязательного медицинского страхования. На основе базовой программы органы исполнительной власти субъектов РФ разрабатывают и утверждают территориальные программы обязательного медицинского страхования, объем предоставляемой медицинской помощи по которым не может быть меньше объема, установленного базовой программой.