При казначейском исполнении федерального бюджета регистрация поступлений, регулирование объемов и сроков принятия бюджетных обязательств, совершение разрешительной надписи на право осуществления расходов в рамках выделенных лимитов бюджетных обязательств, осуществление платежей от имени получателей средств федерального бюджета возлагаются на Федеральное казначейство.
Исполнение федерального бюджета осуществляется на основе отражения всех операций и средств федерального бюджета в системе балансовых счетов Федерального казначейства. В процессе исполнения федерального бюджета запрещается осуществление операций, минуя систему балансовых счетов Федерального казначейства. Право открытия и закрытия счетов федерального бюджета, определения их режима принадлежит Федеральному казначейству. Единый счет федерального бюджета находится в Банке России.