Все доходы бюджета, источники финансирования дефицита бюджета, расходы бюджета, а также операции, осуществляемые в процессе исполнения бюджета, подлежат бюджетному учету, основанному на едином плане счетов. Он организуется органом, исполняющим бюджет. Единый план счетов бюджетного учета устанавливается Правительством РФ.
Отчетность об исполнении бюджета включает оперативную, ежеквартальную, полугодовую и годовую. Сбор, свод, составление и представление отчетности об исполнении бюджета осуществляются уполномоченным исполнительным органом, который в установленном порядке представляет ежеквартальные, полугодовой и годовой отчеты об исполнении бюджета в представительный и соответствующий контрольный орган, а также в Федеральное казначейство. Годовой отчет об исполнении бюджета подлежит утверждению представительным органом.
До 31 декабря включительно орган, исполняющий бюджет, оплачивает принятые и подтвержденные бюджетные обязательства. Счета, используемые для исполнения бюджета завершаемого года, подлежат закрытию 31 декабря. Средства, полученные бюджетными учреждениями от предпринимательской деятельности и не использованные по состоянию на 31 декабря, зачисляются в тех же суммах на вновь открываемые соответствующим бюджетным учреждениям лицевые счета. После завершения операций по принятым бюджетным обязательствам завершившегося года остаток средств на едином счете бюджета учитывается в доходах бюджета наступившего финансового года в качестве свободного остатка средств.