Важнейший элемент бюджетного процесса — исполнение бюджета. В РФ действует казначейская система исполнения бюджетов. Органы исполнительной власти обеспечивают организацию и исполнение бюджетов, управление счетами бюджетов и бюджетными средствами. Они являются кассирами всех распорядителей и получателей бюджетных средств и осуществляют платежи за счет бюджетных средств от имени и по поручению бюджетных учреждений.
Бюджеты всех уровней бюджетной системы исполняются на основе принципа единства кассы, предусматривающего зачисление всех поступающих доходов и поступлений из источников финансирования дефицита бюджета на единый счет бюджета и осуществление всех запланированных расходов с единого счета бюджета.
Исполнение бюджетов осуществляется уполномоченными исполнительными органами на основе бюджетной росписи, которая составляется главным распорядителем бюджетных средств по распорядителям и получателям бюджетных средств на основе утвержденного бюджета в соответствии с функциональной и экономической классификациями расходов бюджетов с поквартальной разбивкой и представляется в орган исполнительной власти, ответственный за составление бюджета, в течение 10 дней со дня утверждения бюджета.