Смета этого учреждения должна отражать все его доходы, получаемые как из бюджета и государственных внебюджетных фондов, так и от осуществления предпринимательской деятельности, в том числе доходы от оказания платных услуг, другие доходы, получаемые от использования государственной или муниципальной собственности, закрепленной на праве оперативного управления, и иной деятельности.
Если уполномоченные органы государственной власти уменьшают средства соответствующего бюджета, выделенные целевым назначением для финансирования договоров, заключаемых бюджетным учреждением, стороны договора согласуют новые сроки и другие условия договора. Контрагент вправе потребовать от бюджетного учреждения только возмещения реального ущерба, причиненного изменением договора.
Бюджетное учреждение составляет и представляет бюджетную заявку на очередной год, которая подается на утверждение главному распорядителю или распорядителю бюджетных средств.
Бюджетные средства используются в соответствии с утвержденной сметой. Однако бюджетное учреждение вправе при исполнении сметы перераспределить расходы по предметным статьям и видам расходов. Эти права определяет Федеральное казначейство РФ либо другой орган, исполняющий бюджет, совместно с главными распорядителями бюджетных средств. В расходовании же средств, полученных за счет внебюджетных источников, бюджетное учреждение самостоятельно.