Следующим этапом бюджетного процесса является исполнение бюджета. В РФ в настоящее время устанавливается казначейское исполнение бюджетов. На органы исполнительной власти возлагаются организация исполнения и исполнение бюджетов, управление счетами бюджетов и бюджетными средствами. Эти органы являются кассирами всех распорядителей и получателей бюджетных средств и осуществляют платежи за счет бюджетных средств от имени и по поручению бюджетных учреждений.
Казначейское исполнение бюджетов основывается на принципе единства кассы, который предусматривает зачисление всех поступающих доходов бюджета, привлечение и погашение источников финансирования дефицита бюджета и осуществление всех расходов с единого счета бюджета, за исключением операций по исполнению федерального бюджета, осуществляемых за пределами РФ в соответствии с законодательством РФ. На основе принципа единства кассы исполняются бюджеты всех уровней бюджетной системы РФ.