Следующим этапом бюджетного процесса является исполнение бюджета. В РФ в настоящее время устанавливается казначейское исполнение бюджетов. На органы исполнительной власти возлагаются организация исполнения и исполнение бюджетов, управление счетами бюджетов и бюджетными средствами. Эти органы являются кассирами всех распорядителей и получателей бюджетных средств и осуществляют платежи за счет бюджетных средств от имени и по поручению бюджетных учреждений.
Казначейское исполнение бюджетов основывается на принципе единства кассы, который предусматривает зачисление всех поступающих доходов бюджета, привлечение и погашение источников финансирования дефицита бюджета и осуществление всех расходов с единого счета бюджета, за исключением операций по исполнению федерального бюджета, осуществляемых за пределами РФ в соответствии с законодательством РФ. На основе принципа единства кассы исполняются бюджеты всех уровней бюджетной системы РФ.
Исполнение бюджетов всех уровней осуществляется уполномоченными исполнительными органами на основе бюджетной росписи. Последняя составляется главным распорядителем бюджетных средств по их распорядителям и получателям на основе утвержденного бюджета в соответствии с функциональной и экономической классификациями расходов бюджетов РФ с поквартальной разбивкой и представляется в орган исполнительной власти, ответственный за составление бюджета, в течение 10 дней со дня его утверждения.