В Бюджетном кодексе РФ определен порядок управления средствами Фонда. Управление осуществляется Минфином в порядке, определяемом Правительством РФ. Отдельные полномочия по управлению могут осуществляться ЦБ РФ по договору с Правительством РФ. Средства Фонда могут размещаться в долговые обязательства иностранных государств, перечень которых утверждается Правительством РФ.
Операции со средствами Фонда отражаются на отдельных счетах федерального казначейства.
Правительство РФ направляет ежеквартальные (нарастающим итогом) и годовые отчеты в Государственную Думу и Совет Федерации о поступлении средств в Фонд, их размещении и использовании в составе отчетности об исполнении федерального бюджета. Минфин РФ ежемесячно публикует сведения об остатках средств Фонда на начало отчетного месяца, объеме поступлений средств в Фонд и их использовании в отчетном месяце.